Fonolojik bozukluğu kekelemeden ayırt etmek gerekir, Fonolojik bozuklukta bazı harflerin ve hecelerin telaffuz edilmesinde problem vardır. Fonolojik bozukluğun tedaviside kekelemeye benzerdir. Ancak burada yaklaşım ve altta yatan psikopatoloji farklıdır.

Fonolojik bozukluğu olan çocuklarda bu durum zeka gerilikleri, işitme ve duysal sorunlar, konuşma ile ilgili motor bozukluklardan, merkezi sinir sistemi sorunlarından ayırt edilmelidir.

Hafif dereceli fonolojik bozuklukta çocuğun konuşması aile üyeleri tarafından anlaşılmasına rağmen çevre tarafından anlaşılmaz. Ağır derecede fonolojik bozuklukta ise aile üyeleri tarafından da konuşma anlaşılamaz.

Fonolojik bozuklukta en sık r-s-k-ş gibi harflerin telaffuz edilmesinde sorunlar vardır. Bu sorunlardan dolayı çocuk yaşıtları arasında uyum güçlükleri ile karşılaşabilir. Özellikle bu durumu fazla olan çocukların sosyalleşmelerinde sorun olabilir. Çocuk konuşma sorunundan dolayı çok fazla sosyal ortamlara girmek istemez, kendini toplum içerisinde ifade etmekten çekinir, bildiği halde derste kalkıp soruları cevaplamak istemez, kronik depresyon gelişebilir, arkadaş ilişkilerinde zorluklar yaşayabilir, kendine olan özgüveninde azalma olabilir. Bütün bu nedenlerden dolayı fonolojik bozukluğu olan çocukların gerekli psikososyal desteğe ihtiyaçları vardır. Gerekirse sıkıntının fazla olduğu durumlarda ilaç tedavisi kullanılabilir.

Fonolojik bozukluğun tedavisinde çocuğun yaşına uygun olan önerilerde bulunulur. Temel tedavi yöntemi ses çıkarma, konuşma ve telafuz konusunda eğitim ve egzersizdir.